כולל רבנות
כולל ההלכה נוסד במסגרת הישיבה הגבוהה מאור טוביה תחת שרביטו של הרב שמואל קדר זצ"ל. הרב קדר זצ"ל הספיק להקים את הכולל וללמד בו מספר שנים מועטות עד שנתבקש בישיבה של מעלה. הרב יעקב סבתו הי"ו ממלא את מקומו החסר מאוד של הרב קדר זצ"ל.
הרב קדר זצ"ל ידוע בשיטתו הבהירה והמסודרת מאוד בלימוד ההלכה אותה הוא הנחיל לאלפי תלמידיו במשך עשרות שנים. שיטת הלימוד מתבססת בעיקרה על ספריו הרבים שחיבר הרב כאשר המוכר שבהם הינו שו"ת היכל שלמה, בו הרב קדר מגיש בשפה ברורה ובפירוט רב, תשובות לשאלות שנשאלו במבחני ההסמכה לרבנות.
בכולל כיום ישנן מעל 20 חברותות בהובלתו של הרב יעקב סבתו הי"ו, כאשר התוכנית היא הקפת לימודי הרבנות תוך חמש שנים. הלימוד הוא לימוד מעמיק מהמקורות עד ההלכה למעשה. במהלך השיעורים הרב יעקב מרחיב ומעמיק נושאים חשובים. כך שנושא נלמד מכל צדדיו וניתנת תמונת מבט שלמה על הנלמד גם מעבר לחומר הנדרש למבחן. בנוסף כהשלמה ללימוד ומתוך רצון לשמש תלמידי חכמים, הרב מדגים חלק מההלכות – למעשה, לדוגמא שחיטה וכדו'
כולל דיינות
כולל הדיינות בישיבה נוסד בשנת תשפ"ה מתוך כוונה להכשיר את מורי ההוראה הדיינים של הדור הבא, להוסיף קומה בבניין הרוח ובבניין עולם המשפט של האומה.
כראש הכולל משמש הרב שלמה קנינסברג, שיעוריו של הרב נותנים תמונה רחבה ומקיפה על הסוגיות תוך בקיאות בכל מרחבי הש"ס, יחד עם הרב שלמה מעביר שיעור פעם בשבוע ומנחה את הקבוצה הדיין הרב משה כהן מישיבת בית אל, הרב משה מעביר שיעור תוך התמקדות בשורשי הסוגיות, ובהבנה מעמיקה של הנלמד.
בנוסף לכך כולל הדיינות הינו חלק אינטגרלי מבית המדרש ומהישיבה, חברי הכולל הינם כתובת עבור בחורי הישיבה, שותפים ונוכחים בחיי הישיבה, ובנוסף חלק בלתי נפרד מקהילת הישיבה והאברכים.
עבור חברי הכולל ישנם מלגות מוגדלות המאפשרות להם לשקוד על תלמודם לאורך שנות ההתמסרות ללימוד הדיינות והגדילה בתורה.
